La GEP es un procedimiento seguro. Existen riesgos de complicaciones que pueden ocurrir durante el procedimiento, pero son raras. Estas incluyen sangrado, infección, perforación del intestino y neumonía por aspiración (contenido del estómago se desplaza a los pulmones).
Entre las posibles complicaciones posteriores a la realización del procedimiento está, por ejemplo, el retiro involuntario de la sonda.