No, pero existen molestias que pueden presentarse durante el procedimiento. Las principales se producen por el estiramiento de la pared del intestino debido al paso del colonoscopio o por la distensión (hinchazón) del intestino. Distender el colon es necesario para realizar el procedimiento, y para ello se introduce gas. Con el fin de minimizar las molestias, se utiliza dióxido de carbono (que se reabsorbe más rápido que el gas ambiental) en la mínima cantidad posible.